中心严格按照“整合集聚创新资源、加强协作开放共享、促进产学研用结合的原则”，以工程科学为基础、以信息技术为手段、以多学科交叉为平台、立足基础性、原创性和战略性的发展方针、以满足21世纪世界科学技术发展和我国经济建设的重大需求为目标。对照国家级实验示范中心的标准，中心应在实验教材建设等方面加大建设力度，进一步提高整体实验教学水平。站在“创国际一流的高水平学科群”的战略高度，积极扩大对外交流的力度，与国际前沿接轨的同时提出有自身特色的创新性成果。同时将基础设备和科研成果开放化和协作化，使水工程水文化虚拟仿真实验教学中心成为学科建设与研究的基地。
1) 完善共建共享机制
    以机制创新促进中心的可持续发展，进一步创新虚拟教学资源的共建机制，采用引导性投入，吸引企业和相关业学科的业务单位投入虚拟仿真教学资源建设，构建基于开放式虚拟仿真实验教学平台的实验教学共建、共享、教学服务和技术支持。满足虚拟仿真实验教学资源大规模的开放要求。完善虚拟教学资源共享机制，支持校际网络课程互选及资源共享，加大辐射区域，为更多学生提供个性化服务，鼓励学生参与到教学资源建设中来，充实现有教学资源。
2) 加强信息化建设，拓展合作范围
    提升虚拟仿真实验室信息化建设水平，建立资源共享的网络技术交流平台，进一步与国内外高校、科研院所在系统研发和软件制作等方面合作共享，进行教学资源动态管理，实现实验教学环境的数字化、网络化和智能化。
3) 深化校企合作，扩展虚拟仿真实验教学资源
    目前已开发5门虚拟仿真实验课程，未来3-5年，加强与企业的合作，继续开发其他虚拟实验课程。
4) 提升资源建设效益
    借助第三方建立数字资源共享资源的补偿手段和市场机制。教师和企业可以根据虚拟仿真中心资源建设的需要，使用共享平台的特色资源定制系统，合作开发的教学资源、研发的系统和软件在中心平台上实现有偿共享，实现社会效益和经济效益的双赢。