华北水利水电大学水工程水文化虚拟仿真实验教学中心具有一系列完备的管理制度，实现管理制度化、规范化和科学化，便于人力、仪器设备、实验课程、实验教材、校内外实习实训实践基地等资源的合理、科学和高效利用。中心制定了一系列完备的实验室管理制度，确保了实验教学中心的良好运行。具体如下：
1)中心管理制度
    为了落实学校实验教学管理文件的要求，推动中心的正常运行，出台了《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验室建设委员会工作条例》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验室值班及出勤制度》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验室开放管理办法》。
2)岗位职责制度
    为了使中心运作规范化，做到人尽其才，各司其职，中心出台了《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心主任、副主任岗位职责》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验指导教师职责》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心开放实验室值班教师职责》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心仪表维修维护人员工作职责》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心材料管理人员岗位职责》等规章制度。
3)实验室管理制度
    为了统筹管理中心实验教学工作，规范实验室管理，中心出台了《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心学生实验守则》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验台整理标准》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心仪器设备管理细则》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验室教学科研用低值易耗品管理办法》《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心仪器设备及器材损坏、遗失赔偿试行办法》等规章制度。
4)工作考核制度
    为了激励实验教学人员，中心制定了《资助教学改革研究项目和教材编写的暂行管理规定》。
5)安全制度
    为了保证实验室虚拟仿真系统安全，中心制定了《水工程水文化虚拟仿真实验教学中心实验室安全制度》等规章制度。